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Das Alpinium ist als Kompetenzstelle für ökologische Fragestellungen im Alpenraum sowie Dienstleister und Beratungseinrichtung für Kommunen, Behörden, Einrichtungen und Institutionen im Allgäu angesiedelt. Modellhaft sollen Naturschutz, Tourismus und Landnutzung in den Alpen auch überregional verknüpft werden („Mensch und Natur“ in den Alpen).
Im Zentrum steht das „südliche Allgäu“ (Landkreise Ober- und Ostallgäu) mit Fokus auf den alpin geprägten Teil des Landkreises Oberallgäu. Dabei kommt der Betreuung und dem Management des Naturschutzgebietes „Allgäuer Hochalpen“ eine besondere Bedeutung zu. Mit seinen rund 21.000 Hektar Fläche stellt es das zweitgrößte Naturschutzgebiet in Bayern dar und weist eine in Deutschland einmalige Biodiversität auf. Darüber hinaus hat das Alpinium auch eine wichtige überregionale Komponente. So wird zum Beispiel das bayerische Umweltministerium bei der Vernetzung der Besucherlenkungsaktivitäten in den bayerischen Alpen unterstützt.
Besonders wichtig ist die Kooperation mit den Partnern in der Region wie z. B. dem Landkreis Oberallgäu, den Gemeinden, den Vertretern aus Land- und Forstwirtschaft sowie Jagd, Tourismus und dem Naturpark Nagelfluhkette.